| 平成15年（2003年） |
- 独立行政法人（特定独立行政法人）として統計センターが発足（４月１日）
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| 平成19年（2007年） |
- 統計法の全部改正により新たな統計法（平成19年法律第53号）が公布される（平成21年４月１日全面施行)
- 情報セキュリティマネジメントシステム（ISMS）に関する規格であるJIS Q 27001（ISO/IEC 27001）の認証を取得
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| 平成20年（2008年） |
- e-Stat(政府統計の総合窓口)などの政府統計共同利用システムの本格運用を開始
- サービス産業動向調査（後のサービス産業動態統計調査）を開始
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| 平成21年（2009年） |
- 「公的統計の整備に関する基本的な計画」(第Ⅰ期)が閣議決定される
- オーダーメード集計及び匿名データの提供を開始
- 経済センサス‐基礎調査を開始
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| 平成24年（2012年） |
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| 平成25年（2013年） |
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| 平成26年（2014年） |
- 「公的統計の整備に関する基本的な計画」(第Ⅱ期)が閣議決定される
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| 平成27年（2015年） |
- 独立行政法人制度の変更により独立行政法人（行政執行法人）統計センターとなる
- 教育用擬似ミクロデータの開発及びその利活用の推進の活動が日本統計学会統計教育賞を受賞
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| 平成28年（2016年） |
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| 平成30年（2018年） |
- 「公的統計の整備に関する基本的な計画」(第Ⅲ期)が閣議決定される
- 統計局と統計センターが和歌山市に統計データ利活用センターを開設
- 統計法及び独立行政法人統計センター法の一部を改正する法律が公布される（令和元年５月１日全面施行）
- データ分析のための汎用素材として教育用標準データセット(SSDSE)の提供を開始
- SSDSEを用いた統計分析の論文を募集する統計データ分析コンペティションを開始
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| 令和元年（2019年） |
- 経済構造実態調査を開始
- 調査対象企業の報告負担の軽減を目的として、経済統計への影響度が高い企業を対象に企業調査支援事業を開始
- オンサイト施設による調査票情報の提供を開始
- 公的統計ミクロデータの利用のためのポータルサイト(miripo)を開設
- 全国家計構造調査を開始
- コンピュータセキュリティシンポジウム2019においてプライバシーワークショップ(PWS)優秀論文賞を受賞
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| 令和２年（2020年） |
- 「公的統計の整備に関する基本的な計画」(第Ⅲ期)の一部変更が閣議決定される
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| 令和４年（2022年） |
- 独立行政法人統計センター人材確保・育成方針を策定
- 厚生労働大臣から、子育てサポート事業主として「くるみん」の認定を受ける
- 仕事と介護を両立できる職場環境の整備促進のためのシンボルマークである「トモニン」を取得
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| 令和５年（2023年） |
- 「公的統計の整備に関する基本的な計画」(第Ⅳ期)が閣議決定される
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| 令和６年（2024年） |
- 多次元クロス度数表の秘匿変換処理による個票データの匿名化装置の特許を取得
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| 令和７年（2025年） |
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